Агентский договор в "1С:Предприятие 8.3" заводится с видом договора "С комитентом (принципалом) на продажу".
 Первоначально заполняется в разделе "Справочники - Покупки и продажи - Контрагенты" создается карточка с контрагентом.

 Заполняется вид контрагента "Юридическое лицо", наименование контрагента, полное наименование, входит в группу, ИНН, КПП, основной банковский счет, адрес и телефон контрагента.
 После заполнения данных необходимо нажать кнопку "Записать" и перейти во вкладку "Договоры". Нажать "Создать".
Так как Вы находитесь в карточке контрагента, то поле "Контрагент" заполниться автоматически. Для агентского договора необходимо выбрать "Вид договора: С комитентом (принципалом) на продажу". Если данного вида договора нет, то необходимо настроить "Функциональность программы". Заполняется номер договора, дата, название.
 Для упрощения учета рекомендую делать договора в разрезе заявок, чтобы потом отслеживать оплаченные, неоплаченные заявки, а также переплаты по ним.
 В разделе "НДС" убрать галочку "Поставщик по договору предъявляет НДС".
 В разделе "Комиссионное вознаграждение" в способе расчетов проставить "Процент от разности сумм продажи и поступления" и размер "100%".

 После этого можно "Записать и закрыть" договор.

 Результатом агентского договора будет являться отчет агента. Как отразить отчет агента в 1С:Предприятие 8.3 указано в соответствующей статье "Как отразить отчет агента в "1С:Предприятие 8.3"?"