В туристической деятельности, обычная практика, когда турагент оставляет себе агентское вознаграждение из выручки туроператора. В программе "1С:Предприятие" предусмотрены следующие способы расчета агентского вознаграждения:

• Не рассчитывается;
  
• Процент от разности сумм продажи и поступления;
  
• Процент от суммы продажи.

И указывается размер этого вознаграждения в процентах.
 Данные способы расчета агентского вознаграждения устанавливаются при заведении агентского договора в Справочнике контрагентов.

 На практике - туроператоры или используют фиксированное вознаграждение или разницу между суммой продажи и поступления, но не всегда разница между суммой продажи и поступлением можно исчислить в процентах. Комиссионный доход может считаться как от общей суммы, указанной на сайте, так и без некоторой суммы, например, без суммы билетов или других дополнительных услуг.
 В любом случае, в настройках договора предлагаю ставить способ расчета "процент от разности сумм продажи и поступления".

 Особенностью, пока еще не частой, является способ выплаты комиссионного вознаграждения путем перечисления на расчетный счет туристического агентства. Такой способ практикуют туроператоры TUI (если вовремя отправили отчет агента - не позднее 3 рабочего дня), Пегас.
 Способ выплаты комиссионного вознаграждения путем перечисления на расчетный счет туристического агентства устанавливается в документе "Отчет комитенту".
во вкладке "Расчеты"

 Когда опция "Удержать комиссионное вознаграждение из выручки комитента" отмечена, то документ формирует следующие проводки:

• Д-т 76.09 К-т 62.01 и Д-т 62.01 К-т 90.01.1 на сумму удержанного комиссионного вознаграждения;
• В Книге учета доходов и расходов отражаются доходы на сумму удержанного комиссионного вознаграждения.

 В случае, когда опция "Удержать комиссионной вознаграждение из выручки комитента" не отмечена, то документ формирует следующую проводку:

• Д-т 62.01 К-т 90.01.1 на сумму планируемого комиссионного вознаграждения.

 Сумма комиссионного вознаграждения отразиться в книге учета доходов и расходов по факту их получения на расчетный счет.
 Более подробно бухгалтерские проводки и расчет налогооблагаемой базы рассматриваются в статье "Как отразить отчет агента в "1С:Предприятие"?"